【1999 – 2000 轉法輪·聯絡處的成立】
遍布于欧、亚、美、澳等各大洲的法鼓幼苗逐个地发芽成长了。“法鼓山马来西亚护法会”也不例外，于1999年成立，首任召集人——林孝云居士因曾参加圣严法师指导的禅七，自身深获法益，也发愿将禅法分享给更多马来西亚人，便在其素食馆楼上成立了“法鼓山马来西亚联络处”。成立初期，联络处积极地举办以禅坐共修为主的活动，并推广和流通法鼓文化出版品，以接引有缘的民众认识正信的佛法和学习禅修，体验身在哪里，心在哪里。
【2001 – 2008 擊法鼓·禪中心的啟用】
沐浴在法海的信众们也越来越多了，大家需要更广阔的共修道场，因缘具足下，于2001年4月，信众们租借了一处更为宽广的地点，命名为“法鼓山马来西亚禅中心”。这份善举也圆了圣严法师19年的心愿，让法师首次莅临大马，为禅中心主持洒净启用典礼，这也接引了许多有着共同心愿的大众，对禅中心有进一步的了解。自此，禅中心更积极地邀请台湾法鼓山的法师前来指导禅修活动，让禅修的信众在实修上有所提升。
傳布法音 信眾喜迎甘露 盛況空前
念念都是众生的圣严法师于4月25日拜会马来西亚佛教总会会长寂晃长老后， 也在26日应企业界菁英之邀，出席“禅与现代企业 – 圣严法师与企业人对话”，约有二百多人与会。26及27日一连两晚，圣严法师也在二场大型弘法会，以“修行在红尘”及“圣严法师说禅”为主题，让约一万二千人次有机会共沾法喜，佛教界也约二百多位法师出席，同时接引了约有八百多人皈依三宝，正式踏入学佛的旅程。
護法會的正名
为了统一台湾法鼓山海外各分支道场的称名，马来西亚的禅中心于2005年11月正式更名“法鼓山马来西亚护法会”。于2004年接任第二届召集人的林忠彪菩萨，除了延续全年的定期活动，如禅坐共修、初级禅训班、禅修活动之外，更积极推广各类活动，例如成立了念佛会、合唱团及读书会，因为活动的增加，会员人数也越来越多。
新道場的里程碑
信众的增加，让分会第三任召集人林忠鸿菩萨在2007年承接了购买与建设一处具有长久性、安定性和未来性的会所之责任。经过几场大型的募款活动，加上义工们的积极参与以及各界人士的护持，护法会终于聚众人之愿力，于2008年9月购置了坐落在八打灵 8 Avenue 的新会所。
【2009 –2018 吹法螺·淨化人心 建設淨土】
2009年7月，法鼓山马来西亚护法会升格为“法鼓山马来西亚道场”，开启了新道场的另外一个重要的里程碑。僧团陆续委派马来西亚籍的法师回国服务，期以法鼓山“心灵环保”的核心价值，以禅修及教育为推广的主轴，通过大普化、大关怀与大学院的三大教育，实践“提升人的品质，建设人间净土”的理念，进而期许能为马来西亚，乃至东南亚的汉传佛教注入新的力量。当时的方丈和尚果东法师也于该年的8月12日正式宣布法鼓山马来西亚道场的成立。
传承圣严法师的悲愿，僧团带领着护法菩萨开始透过各种课程与活动，为普罗大众提供多元的佛法教化，让人人都可以在生活中实践活用、实用自利利他的佛法。
随着参与全国大专佛青生活营的弘法，出席报社举办的公开讲座，参与大专院校的弘法，及协办教师生活营等活动，来道场学习的信众也日益增加。这个当初因一个善愿种下一颗种子，经历了十年的日日灌溉，如今这棵幼苗已经日益茁壮，成为了能让大众学习安定身心、认识自我、接受自我、成长自我及消融自我的菩提树。为了培植更多的善苗，打造心灵摇篮，法鼓山马来西亚道场近年来购买了新建于八打灵再也的三层楼半独立式工业楼建筑作为新道场建筑，新道场将继续实践节能减碳的环保理念，也具备教育人心，安定人心及净化人心的功用。
【2019 – 至今 感恩20 · 報恩行願】
筹建5年的法鼓山马来西亚新道场于2019年11月10日正式启用，期盼在喧闹繁华的都市里增设一座安稳身心的心灵道场，为信众们提供一个具有心灵启迪与净化功能的学佛园地，继续接引大众前来学佛。
启用典礼场面隆重庄严，近千名各界代表及信众也到场观礼，为法鼓山在马来西亚的弘法新里程带来祝福。2019年也是法鼓山在马来西亚弘法20周年，特别以“感恩20·报恩行愿”为主题，同时举办启用暨皈依大典，感念十方信众与佛教各界团体，在20年岁月里的共同护持，成就法鼓山在马来西亚弘法步履的点点滴滴。
法鼓山马来西亚道场自2001年成立以来，即以推动汉传禅法普及化、推广正信和实用的佛法为使命。在多元种族与宗教信仰的马来西亚参与跨宗教祈福活动，并拓展与其他宗教和佛教团体间的交流互动，期间也透过禅修、学佛课程、佛曲专辑创作、共修、生命及社会关怀等各类型活动，把法鼓山的理念“提升人的品质，建设人间净土”推广到家庭、生活、校园、自然、职场、族群中。